Programiranje u bioinformatici
Nositelj |
Suradnik |
|
ECTS bodovi: |
Studij: |
Šifra predmeta: |
Opis predmeta
Informatičke vještine danas su vrlo tražene prilikom bioloških istraživanja. Programiranje je postalo nova važna laboratorijska disciplina. Programski jezik Java omogućava brzo pisanje programa, a biološki zadaci se in silico rješavaju upotrebom gotovih biblioteka (np. BioJava) koje se upotrebljavaju u bioinformatici. Uobičajni zadaci su: operacije sa sekvencijama DNA i proteina, programiranje prevođenja sekvencije DNA u sekvenciju proteina, rukovanje s velikim količinama podataka, kreiranje bioloških baza podataka i drugo.
Ishodi učenja:
Nakon odslušanog kolegija studenti/ce će moći:
- definirati osnovne paradigme računalnog programiranja i glavne karakteristike računalnih jezika,
- primijeniti naučenu sintaksu računalnog jezika JavaTM, kontrolirati tok izvršavanja programa, te razlikovati osnovne klase korištene u JaviTM,
- usporediti osnovne algoritme koji se koriste u bioinformatici i raditi na razvoju vlastitih algoritama korištenjem računalnog jezika JavaTM,
- stečenim znanjima samostalno rješavati biološke probleme korištenjem postojećih bioinformatičkih računalnih tehnologija.
Nastava
| Vrste nastave | sati | |
| oznaka | naziv | |
| P | Predavanja | 10 |
| A | Auditorne vježbe | |
| L | Laboratorijske vježbe | |
| PK | Vježbe u praktikumu | 10 |
| S | Seminar | 5 |
| T | Terenske vježbe | |
Uvjeti za dobivanje potpisa
| Prisustvovanje na predavanjima, vježbama i seminarima |
| Način polaganja ispita: | Pismeno | X | Usmeno |
Literatura
Obvezna literatura
| red. broj | Naziv |
| 1. | Beginig Perl for Bioinformatics, James Tisdall, O'Reilly & Associates, Inc. |
| 2. | MySQL Visual QuickStart Guide, Larry Ullman, PeachPit Press |
Preporučena literatura
| red. broj | Naziv |
| 1. | MySQL: The World's Most Popular Open Source Database http://www.mysql.com/ |
| 2. | The Bioperl Project http://bioperl.org/ |