PBF.hr / Zavodi / Zavod za biokemijsko inženjerstvo / Kabinet za bioinformatiku / Bioinformatika industrijskih mikroorganizama

Bioinformatika industrijskih mikroorganizama

Nositelj

Suradnici

prof.dr.sc. John Cullum

izv.prof.dr.sc. Ana Vukelić

ECTS bodovi:
2

Studij:
poslijediplomski
doktorski

Opis predmeta

Informatičke osnove sekvenciranja genoma prokariota. Informatičke osnove sekvenciranja genoma eukariota. Primjeri industrijskih organizama sa sekvenciranim genomima ( Bacillus subtilis, Lactococcus lactis, Streptomyces coelicolor, Aspergillus nidulans, Saccharomyces cerevisiae). Sekvencije gena ili genskih nakupina biosintetskih puteva industrijski važnih proizvoda. Informatičke osnove komparativne i funkcionalne analize svih gena prisutnih u stanici (genomika). Informatičke osnove analize svih proteina prisutnih u stanici (proteom, transkriptom i metabolom). Uloga sekvencija RNA u taksonomiji. Molekularni pristup biologiji evolucije (filogenetičke analize). Bioinformatika i otkriće novih lijekova. Genska terapija. Zaključci i perspektive.

Ishodi učenja:

Studenti će nakon odslušanog kolegija:

Moći anotirati genome prokariotskih mikroorganizama s posebnim naglaskom na analizi genskih nakupina industrijski važnih proizvoda koristeći javno dostupne baze podataka i alate za anotaciju.
Prepoznati genske nakupine koje kodiraju za gene poliketid sintaza i neribosomskih peptid sintetaza, okarakterizirati prepoznate genske nakupine te predvidjeti strukturu nastalih produkata.

Nastava

Oblici provođenja nastave:		Sati
	predavanja	10
	seminari	5
	vježbe	5

Literatura

Red. br.	Naziv
1.	Darryl, L., Scott, M. Sequence Analysis in a Nutshell: A Guide to Common Tools and Databases. O'Reilly & Associates, Inc., Sebastopol, CA, 2003.
2.	Moss, D.S., Jelaska, S., Pongor, S. (ured.), Essays in Bioinformatics. IOS Press, Amsterdam, 2005. (u tisku)
3.	http://www.tigr.org/tigr-scripts/CMR2/CMRGenomes.spl
4.	http://genome-www.stanford.edu/Saccharomyces/
5.	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/

Dopunska literatura

Red.

br.

Naziv

Gibas, S., Jambeck, P. Developing Bioinformatics Computer Skills. O'Reilly & Associates, Inc., Sebastopol, CA, 2001.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Education/