hrvatski | english

Bioinformatika

Nositelj

doc.dr.sc. Antonio Starčević

Suradnici

doc.dr.sc. Jurica Žučko
dr.sc. Janko Diminić

ECTS bodovi:
4

Studij:
diplomski

Šifra predmeta:
33007

Opis predmeta

Genomika, proteomika i bioinformatika su dio porodice bioloških "informacijskih tehnologija" koje se upotrebljavaju za analizu, tumačenje i primjenu podataka cjelovitih sekvencija genoma i proteoma živih organizama u rasponu od bakterija do čovjeka. Bioinformatika obuhvaća metodologiju upravljanu računalom koja pruža mogućnost analize i objedinjavanja podataka dobivenih strukturnim, fiziološkim, taksonomskim i genetičkim istraživanjima s temeljnim ciljem da se genima - i njihovim produktima – proteinima odredi pripadajuća funkcija. Dobiveni rezultati tim disciplinama mogu poslužiti planiranju strategija za prepoznavanje novih korisnih gena, potencijalnih bioloških meta, razumijevanju njihova ponašanja i razvoju novih terapeutski važnih proizvoda. Biti će osigurana teorijska i praktična izobrazba na područjima biologije upravljane računalom. Važno je napomenuti da svjetske savjetodavne organizacije, koje se bave prikupljanjem i analizom podataka te predviđanjima strukture zanimanja za 21. stoljeće, procjenjuju da će dva od deset najtraženijih poslova biti "Genetički programeri" i "Kopači datoteka", koji se temelje na bioinformatici.

Ishodi učenja:

Nakon odslušanog kolegija studenti/ce će moći:

  • opisati teoretske osnove na kojima se zasniva bioinformatika.
  • pretraživati baze podataka dostupne na Internetu koje sadržavaju literaturne podatke iz područja molekularne biologije i biotehnologije.
  • analizirati sekvence DNA i proteina koristeći programe dostupne na Internetu i lokalnom računalu.
  • pronaći homologne sekvencije, analizirati sekvencije, napraviti i protumačiti filogenetska stabla
  • analizirati proteinske sekvencije, identificirati proteine i dohvatiti proteinske 3D strukture iz baza podataka. Usporediti i tumačiti proteinske strukture. Shvatiti osnove modeliranja na osnovi homologije i računalnog dizajna lijekova.

Nastava

 

Vrste nastave sati
oznaka naziv
P Predavanja 20
A Auditorne vježbe  
L Laboratorijske vježbe  
PK Vježbe u praktikumu 10
S Seminar 10
T Terenske vježbe  

 

Uvjeti za dobivanje potpisa

 

Prisustvovanje na predavanjima, vježbama i seminarima

 

 

Način polaganja ispita: Pismeno X   Usmeno  

Literatura

Obvezna literatura

 

red. broj Naziv
1. Predavanja u PowerPointu
2. Hranueli, D. (ured.). Cover Story: Functional genomics – the birth of a new economic era. Perspectives, PLIVA Global Review, vol. 1, str. 4-39, 2002.
3. Moss, D.S., S. Jelaska i S. Pongor (ured.), Essays in Bioinformatics. IOS Press, Amsterdam, 2005. (u tisku)
4. Education at Web pages of NCBI: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Education/

 

Preporučena literatura

 

red. broj Naziv
1. Westhead, D.R., J.H. Parish i R.M. Twyman. Instant Notes: Bioinformatics. BIOS Sci. Pub. Ltd., Oxford, U.K., 2002.
2. BioComputing Hypertext Coursebook: http://www.techfak.uni-bielefeld.de/bcd/Curric/welcome.html
3. A Prectical Guide to Bioinformatics: http://eti.sara.nl:8000/ember/intro.php